Teknologi microbe-intensive diterapkan pada fase pembibitan dan fase penanaman di lapangan.  Saat ini, penerapan teknologi pada fase pembibitan telah selesai dilaksanakan dan penerapan teknologi di lapangan sudah pada umur tanaman 70 hari setelah tanam.  Pengamatan pada persemaian cabai menunjukkan bahwa teknologi microbe-intensive dapat mempercepat dan meningkatkan persentase benih berkecambah, meningkatkan keseragaman perkecambahan benih, meningkatkan pertumbuhan bibit, dan mengurangi penyakit rebah kecambah.  Tanaman yang diberi perlakuan microbe-intensive di pembibitan dan di lapangan mempunyai jumlah cabang paling banyak.  Hal ini menunjukkan bahwa tanaman cabai dengan perlakuan microbe-intensive di pembibitan dan di lapangan memiliki potensi produksi yang lebih baik dari perlakuan lainnya.  Pengamatan serangan penyakit di lapangan menunjukkan bahwa perlakuan microbe-intensive memberikan hasil yang sama baiknya dengan perlakuan konvensional menggunakan pestisida sintetis.  Oleh karena itu, penggunaan microbe-intensive dapat mengurangi ketergantungan petani terhadap pestisida sintetis.

Pengaruh teknologi microbe-intensive dalam meningkatkan perkecambahan benih ini disebabkan oleh kemampuan dari mikroba tersebut untuk menghasilkan berbagai zat pengatur tumbuh yang dibutuhkan tanaman seperti auxin [1] atau memacu pembentukan gibberellin di dalam biji yang akan memacu perkecambahan [2].  Pengaruh PGPR dalam meningkatkan perkecambahan benih telah dibuktikan juga pada beberapa tanaman seperti jagung [2], sorgum [3], gandum [4], dan bunga matahari [5].  Meningkatnya jumlah benih yang berkecambah dapat menurunkan jumlah benih yang disemai sehingga akan mengurangi biaya produksi.

Permasalahan budidaya tanaman pepaya seperti varietas Callina yaitu sulitnya mendapatkan tanaman pepaya true to type dan menentukan jenis kelamin asal biji pada fase bibit karena tingginya keragaman fenotipe dalam populasi, antar populasi serta antar generasi. Hal seperti ini juga dialami oleh BPTP Provinsi Kalimantan Barat dalam perbanyakan pepaya tipe hawaii secara generatif di Kebun Percobaan Sei Kakap. Keragaman fenotipe dapat dikurangi melalui perbanyakan klonal dari tanaman hermaprodit melalui in vitro maupun ex vivo. Perbanyakan tanaman secara in vitro diawali dengan proses sterilisasi eksplan yaitu merendam eksplan dalam NaOCl bertingkat yaitu 30% selama 5 menit, 15% selama 15 menit dan 5% selama 5 menit, dilanjutkan merendam dalam antibiotic Rifampicin 450 g/l dalam 200 ml aquadest steril selama 15 menit dapat mengurangi kontaminasi hingga mencapai 70%. Inisiasi tunas aksilar pepaya Caliso, Callina dan Sukma dilakukan pada media MS dengan menambahkan 1.0 mg/l BA + 0.05 mg/l NAA. Varietas Caliso adalah varietas tercepat dalam munculnya tunas yaitu pada umur 6 hari setelah tanam eksplan (HST) sebanyak 6 tunas per eksplan, sedangkan tunas lateral in vitro varietas Sukma muncul setelah 13 HST dengan 2 buah tunas per eksplan, dan pada varietas Callina tunas lateral muncul pada 8 HST sebanyak 2 tunas per eksplan. Kalus embriogenik pada  perbanyakan embrio somatik pepaya Callina memiliki ciri struktur kalus remah transparan, berair dan kekuningan pada penggunaan media dasar MS dengan perlakuan 2,4-D 9.05 μM + 30 g/l glukosa dan 2,4-D 22.6 μM + 30 g/l glukosa. Kalus embrio somatik pepaya varietas Callina membentuk tahap kotiledon (cotyledonary shape) pada umur 3 bulan setelah inisiasi dengan menggunakan media 2,4-D 5 mg L-1 dan gula 30 g L-1. Perbanyakan klonal juga dapat dilakukan dengan pembiakan vegetative konvensional melalui penyambungan (grafting). Persentase keberhasilan penyambungan untuk batang atas Callina dan batang bawah tipe papaya liar liar (CL) mencapai 57.04-95.56%, keberhasilan sambungan batang atas Callina dengan batang bawah Sukma (CB) mencapai 53.97-80.16%, dan batang atas Callina dengan batang bawah pepaya Dieng (CD) mencapai 8.33-72.22%. Tunas Agro Mandiri Bogor merupakan salah satu penangkar benih yang melakukan perbanyakan pepaya secara grafting. Informasi teknologi perbanyakan bibit pepaya baik secara in vitro maupun ex vitro merupakan teknologi yang dapat diterapkan di tingkat petani untuk meningkatkan produksi tanaman pepaya true to type.

Cabai rawit merah merupakan komoditas hortikultura yang memiliki periode panen yang panjang sehingga sangat rentan terhadap anomali iklim. Adanya perubahan iklim yang sangat drastis misalnya curah hujan yang berlebih menyebabkan tanaman cabai rawit merah di sentra produksi Jawa Timur banyak yang busuk, sehingga produksi menurun. Hal ini dapat menyebabkan berkurangnya pasokan cabai nasional. Akibat rendahnya pasokan menyebabkan harga cabai rawit merah melambung tinggi yaitu Rp 170.000/kg di Pasar Jakarta. Untuk mengatasi permasalahan produksi cabai rawit merah yang rentan terhadap perubahan anomali iklim dan menjaga kestabilan produksi dan harga maka perlu dilakukan kegiatan pengembangan varietas cabai rawit merah dengan periode panen pendek untuk antisipasi anomali iklim.

Pada rangkaian penelitian sebelumnya PKHT-IPB telah mengumpulkan dan mengkarakterisasi beberapa koleksi plasma nutfah cabai rawit merah termasuk genotipe-genotipe lokal. Genotipe lokal memiliki keunggulan diantaranya, memiliki periode panen yang pendek dan mampu menyesuaikan dengan kondisi ekstrem. Beberapa koleksi tersebut sudah dievaluasi dan di karakterisasi. Diantara koleksi tersebut ada yang berpotensi untuk dikembangkan menjadi varietas yang mempunyai periode panen pendek dan beradaptasi terhadap anomali iklim. Tujuan umum penelitian ini adalah untuk meningkatkan kapasitas produksi cabai rawit merah di Indonesia. Penelitian ini terdiri atas beberapa percobaan, yaitu: (1) Penyediaan berkelanjutan sumberdaya genetik potensial; (2) Pengujian calon varietas unggul potensial (3) perakitan varietas dan (4) pendaftaran komersial varietas tanaman.  Target TKT yang akan dicapai pada akhir tahun penelitian adalah 4.  Kemajuan penelitian sampai November  2019 adalah telah dilakukan penanaman dan peremajaan sebanyak 44 koleksi plasma nutfaf cabai rawit.  Saat ini juga sedang dilakukan pengujian keunggulan salah satu calon varietas yang berpotensi dikembangkan sebagai varietas unggul.   Perakitan varietas baru cabai rawit.  Perakitan varietas dilakukan melalui  pendekatan yaitu: persilangan tetua potensial, mutasi untuk memperpendek periode panen dan dilanjutkan seleksi untuk mendapatkan genotipe unggul, sesuai kriteria yang dituju.

Tujuan umum dari penelitian ini adalah adalah untuk meningkatkan kapasitas produksi dan kualitas nenas di Indonesia yang berdaya saing sehingga industri nenas semakin berkembang. Peningkatan kapasitas produksi dan kualitas nenas tersebut diharapkan akan mendukung ketahanan pangan di Indonesia.  Luaran utama yang diharapkan dari kegiatan penelitian ini adalah dapat diperoleh  1 varietas nenas unggul yang sudah dilepas oleh kementerian pertanian sehingga dapat dikomersialkan. Selain itu diperoleh benih unggul varietas nenas PK-1 yang siap didesiminasikan ke masyarakat. Luaran lain dari penelitian ini adalah: 1.) Minimal 1 teknologi tepat guna perbanyakan bibit nenas PK-1; 2) Perlindungan varietas/kultivar nenas unggul dan 3) Ketersediaan benih nenas bermutu yang cocok untuk ekspor.   Komersialisasi suatu varietas tanaman terdiri dari tiga tahap, yaitu: 1) pelepasan varietas, 2) pengenalan pasar;3) perbanyakan varietas. Penelitian komersialisasi varietas nenas PK-1 dibagi dalam tiga kegiatan, yaitu: 1) Pelepasan varietas, dan 2) Perbanyakan bibit bagi komersialisasi nenas PK-1 dan 3) Diseminasi benih nenas PK-1.

Pada tahun 2019  telah dilakukan kegiatan yaitu: 1) Temu lapang petani di areal demplot dan  pengembangan di Kelompok Tani Ngudi Mulyo Kediri; 2)   Perbanyakan massal dengan kultur Jaringan dan tunas basal daun mahkota serta cacah bonggol bekerjasama dengan kelompok tani dan perusahaan swasta; 3)  Penyempurnaan Teknologi tepat guna Teknik Perbanyakan bibit nenas dan pembuatan buku ajar dan 4)  Pelatihan penanganan pasca panen segar dan olahan nenas.  Pada tahun 2019 juga diperoleh luaran tambahan berupa keikutsertaan dalam seminar ilmiah nasional PERAGI dengan judul makalah Pengembangan teknik perbanyakan stek basal daun mahkota Nenas (Ananas comusus L.) Smooth cayenne dan seminar  PERHORTI dengan judul makalan  Pemberian Ethepon Saat Prapanen dapat Menyeragamkan Pematangan Nenas Tipe Smooth Cayenne.